独立行政法人・特殊法人等に分類される36件の平均年収は714万円、中央値は694万円です。最も高いのはNHK（日本放送協会）の1,090万円、最も低いのは日本年金機構の582万円で、その差は508万円あります。
横軸は平均年収（万円）、縦軸は該当する組織の件数です。 中央値694万円は平均714万円より 低く、一部の高年収組織が平均を押し上げていることを示します。
| 順位 | 名称 | 平均年収 | 従業員数 | 種別 |
|---|---|---|---|---|
| 1 | NHK（日本放送協会） | 1,090万円 | 10,000 | 独立行政法人 |
| 2 | 日本銀行 | 870万円 | 4,800 | 独立行政法人 |
| 3 | JAXA（宇宙航空研究開発機構） | 820万円 | 1,500 | 独立行政法人 |
| 4 | JICA（国際協力機構） | 810万円 | 1,700 | 独立行政法人 |
| 5 | JETRO（日本貿易振興機構） | 798万円 | 1,000 | 独立行政法人 |
| 6 | 国立天文台 | 762万円 | 700 | 独立行政法人 |
| 7 | 理化学研究所（RIKEN） | 760万円 | 3,000 | 独立行政法人 |
| 8 | JOGMEC（石油天然ガス・金属鉱物資源機構） | 758万円 | 800 | 独立行政法人 |
| 9 | 経済産業研究所（RIETI） | 755万円 | 200 | 独立行政法人 |
| 10 | 産業技術総合研究所（AIST） | 748万円 | 2,300 | 独立行政法人 |
| 11 | NEDO（新エネルギー・産業技術総合開発機構） | 730万円 | 1,000 | 独立行政法人 |
| 12 | 宇宙開発戦略推進事務局関連機関 | 730万円 | 300 | 独立行政法人 |
| 13 | 国立がん研究センター | 720万円 | 2,000 | 独立行政法人 |
| 14 | 都市再生機構（UR都市機構） | 718万円 | 7,000 | 独立行政法人 |
| 15 | 日本医療研究開発機構（AMED） | 718万円 | 400 | 独立行政法人 |
| 16 | 鉄道建設・運輸施設整備支援機構（鉄道・運輸機構） | 705万円 | 2,800 | 独立行政法人 |
| 17 | 国際交流基金（JF） | 700万円 | 500 | 独立行政法人 |
| 18 | IPA（情報処理推進機構） | 695万円 | 900 | 独立行政法人 |
| 19 | 国立印刷局 | 692万円 | 1,700 | 独立行政法人 |
| 20 | 国際農林水産業研究センター（JIRCAS） | 692万円 | 400 | 独立行政法人 |
| 21 | 原子力規制庁（NRA）関連機関 | 688万円 | 1,000 | 独立行政法人 |
| 22 | 造幣局 | 685万円 | 900 | 独立行政法人 |
| 23 | 農研機構（農業・食品産業技術総合研究機構） | 682万円 | 3,500 | 独立行政法人 |
| 24 | 国土技術政策総合研究所（国総研） | 678万円 | 500 | 独立行政法人 |
| 25 | 製品評価技術基盤機構（NITE） | 668万円 | 900 | 独立行政法人 |
| 26 | 水資源機構 | 660万円 | 2,800 | 独立行政法人 |
| 27 | 労働政策研究・研修機構（JILPT） | 658万円 | 200 | 独立行政法人 |
| 28 | 日本芸術文化振興会（国立劇場） | 655万円 | 600 | 独立行政法人 |
| 29 | 国立文化財機構 | 648万円 | 1,000 | 独立行政法人 |
| 30 | 国立科学博物館 | 645万円 | 400 | 独立行政法人 |
| 31 | 中小企業基盤整備機構（中小機構） | 642万円 | 900 | 独立行政法人 |
| 32 | 国立美術館（各館） | 638万円 | 800 | 独立行政法人 |
| 33 | JEED（高齢・障害・求職者雇用支援機構） | 635万円 | 4,500 | 独立行政法人 |
| 34 | 日本学術振興会（JSPS） | 635万円 | 300 | 独立行政法人 |
| 35 | 国立病院機構 | 620万円 | 57,000 | 独立行政法人 |
| 36 | 日本年金機構 | 582万円 | 12,000 | 独立行政法人 |